Les eaux du Né se jettent dans le fleuve Charente au niveau de Merpins. Leur état impacte donc potentiellement les activités en lien avec l'eau et les milieux aquatiques en aval de cette confluence. La gestion intégrée du bassin versant du Né doit tenir compte des pressions agissants sur les usages du fleuve et notamment la production d'eau potable (alimentation de la poulation cotière de Royan à la Rochelle) et la conchyliculture du bassin de Marennes-Oléron.

Concernant la production d'eau potable sur le fleuve Charente, le programme d'action de la gestion intégrée répond globalement à cette problématique en se fixant comme objectif le bon état des eaux.

Pour la conchyliculture, l'état des lieux a mis en évidence une forte dépendance des apports d'eau de la Charente (donc en partie du Né) lors de débits très faibles, sur le dévellopement des mollusques.

La Commission Locale de l'Eau (CLE) du SAGE Charente a été mise en place, lors de sa réunion d'installation du 20 juin 2011. M. Patrick Moquay, maire de Saint-Pierre d'Oléron a été élu Président.

Cinq commissions géographiques ont été validées, dont "Né-Seugne" à laquelle se réfèrera le sous-bassin du Né. Ces commissions permettront, tout au long de l'élaboration du SAGE, d'effectuer une concertation au plus près du terrain et des acteurs : un lien privilégié avec les instances de gestion intégrée du Né animées par le SIAH sera notamment mis en avant. Elles auront pour missions de faire remonter les connaissances locales, les questions et les attentes auprès de la CLE, mais également d'informer un maximum d'acteurs sur les décisions de la CLE et l’avancée du SAGE.
Ouvertes de droit aux membres de la CLE, elles seront élargies à des acteurs élus ou techniciens des collectivités, associations d'usagers et services de l’État non membres de la CLE, pouvant apporter leur expertise à ces commissions.

L'état initial du SAGE, établi en 2011, permettra de mettre en valeur l'ensemble des connaissances existantes sur le périmètre du SAGE et de définir les enjeux que la CLE décidera de traiter en priorité dans le cadre du SAGE. Dès la phase diagnostic, en 2012, des commissions thématiques seront progressivement créées, afin d'examiner des thèmes transversaux géographiquement, comme les inondations ou la continuité écologique et sédimentaire. Afin d'optimiser les moyens d'élaboration du SAGE et en recherchant la plus grande efficience, ces commissions thématiques s’appuieront fortement sur la dynamique et les instances existantes. En effet, de nombreux membres de la CLE participent déjà à plusieurs de ces instances de suivi de projets opérationnels. Ainsi, par exemple, la commission de suivi poissons migrateurs pourrait servir de base au SAGE pour une commission thématique axée sur les milieux aquatiques. Cette évolution possible se fera progressivement et en concertation avec les acteurs de la commission de suivi et les animateurs du SAGE Charente.